Το Shadow Empires παρουσίασε μια νέα ιδέα στο παιχνίδι - παρατάξεις. Στην αρχή του παιχνιδιού, οι παίκτες επιλέγουν τη φυλή τους και επιπλέον μια παράταξη. Υπάρχουν 5 παρατάξεις. Κάθε παράταξη ξεκινά το παιχνίδι σε διαφορετική θέση στον χάρτη:

Empire – στο κέντρο	Dynasty – νοτιοανατολικά
Rebels – βορειοδυτικά	Horde – ανατολικά
Marauders – βόρεια

Στην αρχή, νέοι παίκτες μιας συγκεκριμένης παράταξης θα ξεκινήσουν στην ίδια περιοχή. Μόλις γεμίσει, οι νεότεροι παίκτες θα αρχίσουν να εμφανίζονται σε μια άλλη περιοχή κοντά και ούτω καθεξής. Δεν εξαρτάται πλέον από τα τέταρτα ή την απόσταση από το κέντρο του χάρτη.

Περιφέρειες

Οι παρατάξεις όχι μόνο καθορίζουν την αρχική θέση των παικτών, αλλά εισάγουν επίσης ένα νέο επίπεδο συνεργασίας μεταξύ των παικτών.
Οι περιφέρειες κατακτούνται τώρα από παρατάξεις και όχι από μεμονωμένες συμμαχίες. Τόσο οι παρατάξεις όσο και οι συμμαχίες που βοήθησαν στην κατάκτηση περιοχών να κερδίσουν πόντους νίκης. Ωστόσο, μόνο μία συμμαχία μπορεί να έχει πρόσβαση στην αρχαία δύναμη της περιοχής. Δείτε το άρθρο σχετικά με τις περιοχές και τις αρχαίες δυνάμεις για περισσότερες λεπτομέρειες.

Παίκτες και συμμαχίες σε παρατάξεις

Οι παίκτες επιλέγουν την παράταξής τους στην αρχή του παιχνιδιού και δεν μπορούν να αλλάξουν αυτήν την επιλογή.
Μια συμμαχία ανήκει στη παράταξη του παίκτη που δημιούργησε αυτήν τη συμμαχία. Δεν μπορεί επίσης να αλλάξει αργότερα.
Ωστόσο, οι παίκτες είναι ελεύθεροι να συμμετάσχουν σε οποιαδήποτε συμμαχία θέλουν. Έτσι, ακόμα κι αν ξεκινήσατε το παιχνίδι παίζοντας για τους Επαναστάτες, θα μπορούσατε να συμμετάσχετε σε μια συμμαχία που ανήκει στις Ορδές ή σε οποιαδήποτε άλλη παράταξη.